Caracterização genética viral em espécimes fecais provenientes de animais silvestres e domésticos em áreas de alterações antrópicas no bioma amazônico no período de 2015 a 2016

Abstract

Dentre as populações de animais acometidas por vírus gastroentericos, destacam-se os animais domésticos e silvestres como pequenos roedores e quirópteros. Diversos enteropatógenos são descritos como agentes de gastroenterite entre estas espécies animais, com destaque para os Rotavírus (RVA), que são membros da família Reoviridae. São endêmicos nas populações animais em todo o mundo, podendo favorecer eventos de transmissão zoonótica com a participação de outras estirpes virais como Kobuvirus, Alphacoronavirus, Astrovirus e Morbilivirus. Neste estudo, objetivou-se realizar a pesquisa de vírus entéricos em uma população de animais domésticos e silvestres pertencentes a um fragmento florestal localizado em três municípios no estado do Pará, utilizando metodologias moleculares. Foram selecionadas para este estudo um total de 1354 amostras fecais, sendo 451 (33,30%) provenientes de Santa Bárbara, 267 (19,72%) de Peixe-Boi e 636 (46,98 %) de Viseu coletadas no período de setembro de 2015 à maio de 2016 através da estimulação da ampola retal dos animais. A partir das amostras foram preparadas as suspensões fecais em tampão Tris Ca++, seguida da extração do genoma viral de forma automatizada, associando-se à RT-PCR, Nested-PCR para amplificação dos genes VP7 e VP4 de RVA e para uma melhor caracterização procedeu-se o NGS pela plataforma Illumina, utilizando-se pools fecais dos animais, de acordo com a espécie animal e a área de coleta, em tampão PBS (pH 7,4), sendo a extração do genoma realizada pelo kit de tecido Maxwell (Promega), precedido da montagem da biblioteca de cDNA. A mesma foi preparada e sequenciada na plataforma Illumina MiniSeq utilizando a metodologia descrita no kit de preparação da biblioteca Nextera XT DNA. Utilizou- se na montagem dos genomas uma metodologia híbrida pelo de novo assembly and reference mapping nos programas Minia e Geneious versão 8.1.9, respectivamente. Foram identificados os genótipos P[4] e P[6] de RVA, uma nova espécie de Kobuvirus canino e de Alphacoronavirus em felino com identidades de nucleotídeos de 92,3% e 91,5%, respectivamente em comparação a sequências já depositadas no NCBI. O estudo evidencia o primeiro genoma completo destes vírus em animais domésticos não diarreicos, o que destaca a necessidade de estudos adicionais para melhor determinar a origem e evolução destes agentes na região.