Estudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasil

Abstract

A metodologia metagenômica está em crescente desenvolvimento para a identificação de genomas virais, caracterizando as informações biológicas desses agentes sem necessidade de isolamento e cultivo em laboratório com o auxílio de tecnologias avançadas para a geração e processamento de milhões de leituras. Neste contexto propõe-se investigar a presença de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu, no Estado do Pará-Brasil. Um total de 10 amostras (fígado, vísceras e cérebro) de roedores e marsupiais foram submetidos a extração e purificação de RNA, síntese do DNA complementar (cDNA), sequenciamento através da tecnologia Illumina NextSeq e análise bioinformática. No geral os gêneros virais detectados neste trabalho foram: Ortobunyavirus, Hepacivirus, Gammaretrovirus, Betaretrovirus, Epsilonretrovirus, Alpharetrovirus, Pestivirus, Parapoxivirus, Amdoparvovirus, além de vírus de RNA não classificados em nenhum dos gêneros conhecidos. Este estudo apresentou diversidades de agentes virais, com predominância de gêneros da família Retroviridae e dessas detecções apenas o vírus Caraparu (CARV) membro do gênero Ortobunyavirus representa risco a saúde humana. A análise filogenética para os hepacivírus (Hepacivirus de roedor e Hepacivirus F) detectados neste estudo, apresentaram similaridade com o Rodent Hepacivirus isolado do roedor da espécie Proechimys simispinosus, agrupando-se no mesmo clado. Os domínios da poliproteína apresentaram semelhança com os Hepacivirus nas regiões que codificam proteínas estruturais (Core e Env.), não estruturais (NS2, NS4b, NS5a_1a e NS5a_1b), com uma estrutura da peptidase (S29) responsável pela clivagem das proteínas estruturais e com um domínio que corresponde a família Flaviviriade (Flavi_DEAD). Diante disso, os achados deste estudo podem contribuir para o conhecimento científico sobre as comunidades virais que circulam em pequenos animais (roedores e marsupiais) nas proximidades da cidade de Viseu, mesmo que muitos deles não sejam nocivos para a saúde humana. Com isso, estudos contínuos nesses e em outros mamíferos devem ser realizados para obter informações das espécies virais circulantes e de possíveis novas descobertas de vírus e fontes de infecções zoonóticas, nessa e em outras regiões da Amazônia brasileira.