Caracterização molecular e evolução de rotavírus genótipo G12 circulante na região Norte do Brasil durante os anos 2007 a 2014

Abstract

Introdução: No mundo cerca de 1.400 crianças menores de cinco anos morrem a cada dia por doenças diarreicas, das quais 37% dos casos associam-se aos rotavírus da espécie A (RVA), sendo que tais agentes virais demonstram ampla importância epidemiológica. O genótipo G12 de RVA (RVA G12) apresentou elevada frequência nos últimos anos no Brasil e no mundo. Objetivo: Aplicar diferentes ferramentas computacionais na diferenciação e caracterização molecular e evolutiva de linhagens de RVA G12 circulantes na região norte do Brasil, de 2007 a 2014. Material e Métodos: Foram sequenciadas 30 amostras regionais acrescidas a um banco de dados com sequências disponíveis online. As sequências foram alinhadas e testadas em conjunto para criação da árvore filogenética, realização dos relógios moleculares estrito e relaxado com avaliação da convergência e estabilidade dos modelos gerados utilizando o Phyml v3.0, Beauti v1.8.2 e Beast v1.8.2. Foram selecionados os modelos mais adequados no Tracer v1.6 e os tempos de divergência e estimativas espaciais anotadas nas árvores MCC para inferência filogeográfica. Os conjuntos de sequências alinhadas foram submetidas as análises de recombinação no programa RDP4. Resultados: As análises filogenéticas e filodinâmicas do gene VP7 do RVA G12 demonstrou que 29 (96,7%) das amostras agruparam na linhagem III e uma pertenceu à linhagem I (3,3%), provavelmente originárias da Índia. O RVA G12 linhagem I foi introduzida a partir da Ásia aproximadamente em 1999, enquanto que a linhagem III foi introduzida da Índia para o Acre em 2006 e posteriormente a partir dos Estados Unidos para o Amazonas em 2012. A análise do gene VP4 demonstrou a detecção dos genótipos P[8] (90%, 27/30), P[6] (6,7%, 2/30) e P[4] (3,3%, 1/30) e a maior taxa de mutação em comparação com os genes. O gene VP6 demonstrou que os tipos I2 e I3 associados ao G12 foram introduzidos a partir do Paraguai, sendo que o I3 foi introduzido aproximadamente em 2005 em Pernambuco, com taxa de mutação de 1,84.E-2. O genótipo I1 possui ancestral comum mais distante proveniente da África do Sul com taxa de mutação de 3,6.E-2, introduzido no Brasil pelo Rio de Janeiro em 2001 e Amazonas em 2006 vindo dos Estados Unido, cujo a taxa de mutação foi 3,83.E-3 e 1,77.E-3, respectivamente. Foram encontrados indícios de eventos de recombinação específicos para os genes VP7 e VP4. Na América do Sul, o Paraguai destacou-se como a rota de dispersão do RVA e na região norte foi observada que o estado do Amazonas foi uma rota frequente de introdução do vírus. Conclusão: Estudos sobre dinâmica evolutiva dos RVAG12 no Brasil são necessários a fim de descrever o perfil de dispersão na região e sua circulação ao redor do globo.